Bei der Erforschung von Entscheidungsprozessen steht methodisch die System- bzw. Selbstorganisationstheorie im Mittelpunkt; zudem finden Methoden der künstlerischen Forschung, der empirischen Sozialwissenschaft und das Experiment Anwendung.
kunstpartner nutzt Kritik als Methode des Entwurfs, denn die Spannung zwischen dem Bestehenden und dem Möglichen im Kulturbetrieb, schafft Voraussetzungen für neue Möglichkeiten.
Kunstpartner arbeitet im Sinne eines „Wissenschaftskurators“: Um den komplexen Anforderungen realer Problemstellungen auf dem Gebiet der Kunstproduktion und der Kulturinterpretation zu entsprechen, werden für die einzelnen Forschungsfragen meist themenorientierte, transdisziplinäre Netzwerke aufgebaut.